La mejor pieza arquitectónica de todo el convento es la iglesia, obra interesantísima del Barroco Antequerano, que se levantó entre los años 1707 y 1734. La planta es de cruz latina, de una sola nave y con los brazos del crucero poco profundos, desarrollando cúpula y linterna sobre pechinas.

La mayoría de su decoración de yeserías barrocas se concentra en las referidas pechinas de la gran cúpula encamonada, en el cascarón del presbiterio y en los capiteles de las pilastras que sostienen el entablamento que recorre perimetralmente todo el templo. La talla en yeso de estos elementos ornamentales se atribuye al maestro Antonio Ribera, famoso por su actividad como retablista. Su hornacina central la ocupa la imagen titular del patriarca San José con el Niño Jesús de la mano. Decoran el arco de acceso a la capilla mayor dos encopetados espejos barrocos de procedencia inglesa, y debajo de éstos, dos ángeles lampadarios realizados en 1804 por Miguel Márquez García.

Los retablos colaterales del crucero, sencillas ensambladuras de madera coetáneas del retablo mayor, con las imágenes de Sta. Teresa y San Juan de la Cruz. El frente del crucero del lateral del Evangelio lo ocupa un original retablo de corte rococó que expone, a manera de urna acristalada la imagen de vestir de la Dormición de la Virgen. Frente a este retablo encontramos el de la Virgen del Carmen.